重建后的皇岗口岸采用崭新的「合作查验、一次放行」通关模式，旅客以自助通道过关，只需排队一次和出示一次证件，即可完成港深两地的出入境手续，合资格人士更可选择「刷脸通关」，免出示证件使用自助通道，方便快捷。

要使用合作查验自助通道，享受「极速」过关体验，合资格香港居民和访港旅客记得首先进行登记。

登记过程同样便捷，合资格香港居民可使用智能电话下载入境事务处的「香港e-道」流动应用程式，以「智方便」核实身分，便可按指示完成登记手续。

皇岗口岸也设有e-道登记处、自助服务站，让香港居民即场登记；内地访客也可到皇岗口岸e-道登记处登记。

此外，合资格香港居民和内地访客，均可在合作查验自助通道同时进行登记并完成办理两地出入境手续。

14岁或以上合资格人士更可在登记使用合作查验自助通道时，一并登记「刷脸通关」服务，透过免出示证件模式使用自助通道服务。

旅客应紧记，即使「刷脸通关」，都要携带符合两地出入境要求的证件。而使用合作查验自助通道前，必须完成登记内地快捷通道。旅客也可选择使用传统人工柜枱出入境。

至于车辆方面，司机和车辆均须具备粤港两地口岸的通行资格。在「合作查验、一次放行」的新清关模式下，离境车辆需先经过海关前置亭，接受海关风险评估，再驶入联合一站式车道。

车道采用全新三度闸门设计，并利用全新设计的信息采集一体机，为司机一次过完成体温、证件、容貌和指纹资料采集，整个过程只需一张证件、一体采集，便可以完成五方查验、一次放行。