运输及房屋局表示，按现时规划，广深港高铁将来是以协议模式营运，内地和香港分别负责各自路段的列车调度，有传媒报道指「广州车务控制中心将统一调度两地的高铁列车」并不正确。
该局今日发声明澄清，指广深港高铁未来会以协议模式营运，港方一直按此规划，与内地主管部门和营运单位商讨高铁香港段将来开通的营运细节，现阶段双方没有计划以合营模式营运广深港高铁。
根据国家高铁线路的管理规范，高铁的管理原则是各调度中心负责管辖范围内行驶列车的调度，即分别由高铁香港段设于石岗的调度中心和高铁内地段设于广州的调度中心负责监察和控制在各自路段行驶的列车。
石岗调度中心会依据严谨程序，独立监察和控制在高铁香港段管辖范围内行驶的列车。
虽然两地的调度中心可透过调度集中系统取得两地的列车运行资讯，以配合列车调度，并在需要时就两地的列车营运和调度安排作沟通，但广州调度中心只会负责调度在高铁内地段管辖范围内行驶的列车，不会负责高铁香港段管辖范围的列车营运和调度。
若遇上紧急情况，石岗调度中心可停止在高铁香港段管辖范围的列车运作，广州调度中心则没有这个权力。
该局又指，全国高铁网络的讯号系统均须符合CTCS-2规格（用轨道电路传输讯号）或较先进的CTCS-3规格（用无线电传输讯号）。广深港高铁采用CTCS-3规格和CTCS-2规格的双系统设计，提供双重故障防御，以达到高铁香港段和内地段无缝连接和安全营运。
